Japon Savaşan Devletler döneminde bir samuray komutana hizmet eden Daigo Kagemitsu, ülkenin yönetimini ele geçirme karşılığında doğmamış çocuğunun organlarını 48 iblise adak olarak sunma sözü verir. Daigo, oğlu doğduğunda ölmesi için onu bir sepete koyup nehre bırakır. Şefkatli bir doktor onu nehirde bulur, evlat edinir ve zavallı oğlu için protezler yapar. Zaman geçer ve çocuk büyür artık ismi Hyakkimaru'dur. Hyakkimaru öldürdüğü her iblise karşılık bir organını geri almaktadır. Bir gün haydutların elinden Dororo isimli nehirde boğmak üzere oldukları bir çocuğu kurtarır. İkisi ülkeyi baştan başa gezerek Hyakkimaru'nun organlarını ele geçiren iblisleri aramaya koyulurlar. Yolculuk boyunca birçok canavar ve hayaletle karşılaşacaklardır. (juliet)